高校時代の親友の死を引きずっているOLのユミは、一人で廃校になった母校へ足を向ける。母校には「一番大切な物に願いを書いて校舎裏に埋めると叶う」という噂があり、親友と一緒にソフトボールを埋めたことを思い出したからだ。7年ぶりに母校を訪れたユミは、校舎裏で辺り一面を掘り返す少年に出会う。

「アトムの血」とは、ロボットであるはずのアトムに流れていた血潮の話である。「アトムの血」とはまた、画家・黒田征太郎が敬愛してやまない手塚治虫への賛歌である。
戦争が終わったばかりの街で、黒田は手塚の漫画「新宝島」に出会った。それは黒田に、絵を描くことの素晴らしさのみならず、生きることの肯定さえも訴えかけたのだ。
「黒田征太郎×手塚治虫」　いま新たなアトムの物語が始まる。

判子屋で働く裕子のもとに夫の名前が記入済みの離婚届が届く。それと向き合うことができないまま仕事へと出かけ、誰かの存在証明となる判子を作り売っている。仕事終わりに姉から甥っ子を預かるよう頼まれ、半日を共に過ごすことになるが、甥っ子との時間の中で裕子は思いがけず「母親にはならなかったこと」「戻らない夫との時間」「自身の未来」を自らへ問いかけることとなる。